Mit veränderten Aufgaben setzt das MvBZ die langjährige Geschichte der Förderung der Geschlechterforschung an der Freien Universität Berlin und die Arbeit seiner Vorgängereinrichtungen fort.
Dabei zeichnet sich die Organisationsstruktur des Margherita-von-Brentano-Zentrums durch die Beteiligung verschiedener Akteur*innen der Geschlechterforschung aus: Das Team des Zentrums und die wissenschaftliche Leitung werden durch einen Vorstand unterstützt, der sich aus Funktionsträger*innen der Institutionen und Gremien der Freien Universität Berlin, die für die Geschlechterforschung zuständigen sind, zusammensetzt. Zudem wird das Zentrum durch einen Beirat beraten.
Die Arbeit des Zentrums seit 2016 wird in einer Dokumentation eigener Veranstaltungen, in der Mediathek sowie im Pressespiegel sichtbar gemacht.
Das Zentrum sieht sich und seine Arbeit den wissenschaftlichen und wissenschaftspolitischen Zielsetzungen seiner Namensgeberin, der Philosophin und ersten Vizepräsidentin der Freien Universität Berlin, Margherita von Brentano, verpflichtet. Im Sinne heutiger und zukünftiger Forschung beschafft und ergänzt das MvBZ fortlaufend die Literatur für den Sammelschwerpunkt Geschlechterforschung in der Campus Bibliothek (ca. 5.400 Titel)