Das MvBZ baut strategisch Kooperationen im Bereich der Geschlechterforschung mit inneruniversitären, regionalen, nationalen und internationalen Kooperationspartner*innen auf.
Wissenschaftler*innen werden auf unterschiedlichen Ebenen, wie beispielsweise durch Vernetzungs- oder Austausch- und Kooperationsmöglichkeiten, unterstützt. Finanziell wurden beispielsweise im Zeitraum 2016–2018 wurden aus Mitteln des ehemaligen IZ Geschlechterforschung mehrere Einzelprojekte aus dem Bereich der Geschlechterforschung an der Freien Universität Berlin finanziell gefördert.
In diesem Rahmen lädt das MvBZ regelmäßig Gastwissenschaftler*innen zu einem Aufenthalt am Zentrum ein und kooperiert mit der Internationalen Gastprofessur für Geschlechterforschung.